2000s

Empezaba un nuevo siglo, eran tiempos difíciles, un año de crisis económica, deportiva e institucional, no se pudo retener a Manuel Pellegrini como técnico de LIGA y realizamos una mala participación en la Copa Libertadores del 2000, quedamos últimos en el Grupo 3, conformado por el América de México, Olimpia de Paraguay y Corinthians de Brasil, exhibíamos un juego muy distinto al que siempre le caracterizó a LIGA. 

Al finalizar aquel año sufrimos el segundo descenso en nuestra historia, en el último partido en ese año LIGA enfrentó en su estadio al Olmedo de Riobamba el 5 de noviembre de 2000. Al final del partido el equipo riobambeño empató 3 a 3 y consumó nuestro descenso a la Serie B después de 28 años.

En el 2001, LIGA jugó en la segunda categoría del fútbol ecuatoriano bajo la conducción del técnico argentino Julio “Turco” Asad, el primer encuentro, jugado el 18 de febrero del 2001 ante Audaz Octubrino de Machala en el Estadio Casa Blanca, LIGA ganó con un claro marcador 3 a 1 con dos goles de Óscar Fernando Pacheco y uno de Diego Ayala.

En el último encuentro en cambio, LIGA venció al Deportivo Quevedo por 5 goles a 0, sellando su retorno a la serie de privilegio del fútbol nacional para el año 2002.  Luego de aquel año, la evaluación arrojaba como resultados que, este retorno, le significó a LIGA el cariño más sincero de toda su gente,

LIGA consigue su séptimo título nacional en el año 2003,  esta ves, de la mano del técnico uruguayo Jorge Fossati y de importantes figuras como el paraguayo Carlos Espínola, el manabita Alfonso Obregón, Franklin Salas, Paul Ambrossi, Patricio Urrutia, Virgilio Ferreira y el "Maestro" Alex Escobar.

En la final de aquel año, LIGA se enfrentó en el partido decisivo a El Nacional y lo venció 2 x 1, con goles de Patricio Urrutia y Néicer Reasco.

Al año siguiente en 2004 con la presencia de Álex Aguinaga y el colombiano Elkin Murillo como principales refuerzos, LIGA tuvo un espectacular desempeño en la Fase de Grupos de la Copa Libertadores, obteniendo un triunfo histórico hasta ese momento al derrotar 2 a 0 a Cobreloa en Calama (Chile), y de golear 3 a 0 al São Paulo de Brasil en nuestro estadio.

Jorge Fossati deja LIGA para dirigir la selección uruguaya, en su reemplazo llegó el uruguayo Daniel Carreño, LIGA  enfrentó al Santos de Brasil por los octavos de final de la Copa Libertadores, un partido que se considera como uno de los mejores en la historia del equipo, LIGA caía en su estadio 0 a 2 ante los brasileros, sin embargo, LIGA nunca bajo los brazos y terminó imponiéndose 4 a 2, desatando una enorme algarabía en su hinchada, en el encuentro de vuelta sin embargo, Santos ganó 2 a 0 y forzó la definición por penales, Alfonso Obregón, erró su disparo y el cuadro visitante logró la clasificación.

En el 2004 Carreño deja la institución por malos resultados en la Copa Libertadores y campeonato nacional, y es el peruano Juan Carlos Oblitas quien tomó las riendas del equipo, LIGA alcanzó el tercer lugar del campeonato ecuatoriano (clasificándose para la Copa Libertadores) y disputó la Copa Sudamericana llegando a semifinales del torneo, después de vencer por un amplio marcador global al campeón vigente, Cienciano de Perú, en cuartos de final frente al Santos, LIGA logra un triunfo importante en Vila Belmiro por un marcador de 1 x 2 , sin embargo LIGA fue eliminado en las semifinales a manos del Bolívar de Bolivia.

En el año 2005, el torneo nacional sufre una variante en su sistema de juego, se decide jugar dos campeonatos en el año, Apertura y Clausura, LIGA alcanza su octava estrella aque 2005, ganó la etapa de 18 partidos en un formato de todos contra todos, luego, en los playoffs eliminó a Olmedo y más tarde a Deportivo Cuenca en semifinales.

En la final con un contundente 3 a 0 a Barcelona con goles de Carlos Espínola, Franklin Salas y Neicer Reasco, la presencia del goleador Ariel Graziani, los mediocampistas Roberto Palacios y Édison Méndez y bajo la conducción de Juan Carlos Oblitas, LIGA era campeón nación una vez más.

A mediados del 2006, el peruano Juan Carlos Oblitas deja la dirección técnica por malos resultados, en su lugar llegaba el rosarino Edgardo Bauza y con quien LIGA se preparaba para escribir las páginas doradas de su historia

Bajo la conducción de Edgardo Bauza, hasta diciembre de aquel año, LIGA alcanzó a levantar su nivel y sobre todo recuperó terreno perdido, se clasificó a la liguilla final, hasta las últimas fechas LIGA mantenía serias posibilidades de quedar campeón, sin embargo los resultados no se dieron, se perdió con el Deportivo Quito y luego con El Nacional, la hinchada de LIGA en medio de su efervescencia, acusó al Técnico Edgardo Bauza como responsable de la pérdida de un título.

El 2007 no pintaba como un buen año, varios jugadores habían sido sancionados por la FEF por altercados suscitados en el último encuentro del torneo 2006 entre LIGA y Barcelona. Jugadores como Agustín Delgado, Roberto Palacios y Carlos Espínola, quedaron sin actividad durante 6 meses, Jairo Campos, por quien se presentó una apelación, se redujo su sanción a 3 meses; 4 meses para Patricio Urrutia y 2 meses para Giovanni Espinoza como Sandro Borja.

Varios de estos elementos salieron del país a buscar mejor suerte, pero jugadores como  Jairo Campos, Patricio Urrutia y Agustín Delgado permanecieron en filas de LIGA, el Profesor Edgardo Bauza había sido ratificado al mando del equipo. Los resultados en la primera parte de aquel 2007 no satisfacían a nadie, hinchas y periodistas opinaban que debía haber un cambio en el timón del equipo, por su parte, Dirigencia y Cuerpo Técnico pedían tranquilidad y tiempo.

El clima era de tensión y hostilidad alrededor de LIGA,  se había logrado clasificar al repechaje de la Copa Libertadores, pero quedó el equipo fue eliminado en la fase de grupos, esto, sumado a los malos resultados en el torneo local,  fueron detonantes para que la hinchada se fuera sobre el Técnico, ¡Fuera Bauza! Gritaban en el estadio, pifias, insultos y vejámenes para los jugadores en el campo de juego, el 22 de abril la situación se volvía insostenible, tras la pérdida como local ante Olmedo por 3 goles a 1, el Profesor Edgardo Bauza debía salir del estadio, escondido en un patrullero para evitar ser agredido.

La Dirigencia de LIGA, con Don Rodrigo Paz a la cabeza, ratificó al cuerpo técnico en sus funciones, pidió una vez más tranquilidad a la hinchada de LIGA, exigió confianza en la decisión y sobre todo en el trabajo que Edgardo Bauza venía realizando, y vaya que no se equivoco, con el regreso de los jugadores sancionados, LIGA levantó su juego y en diciembre nos encontrabamos a las puertas de un nuevo título, el 5 de diciembre del 2007, LIGA enfrentaba en la final al cuadro de El Nacional.

La novena estrella llegó aquel año 2007, LIGA venció a los militares por 2 goles a 0, Edgardo Bauza devolvía con resultados toda la confianza que la dirigencia de LIGA le había brindado, pero lo mejor estaba por venir.

Tras consagrarse campeón en el 2007, LIGA se clasificó a la Copa Libertadores 2008 enfrentándose a importantes clubes del continente como Estudiantes de La Plata de Argentina, San Lorenzo de Almagro de Argentina, América de México y Fluminense de Brasil.

Era la primera final internacional de LIGA, en el partido de ida jugado el 25 de junio del 2008, LIGA derrotó en su estadio 4 x 2 al equipo brasileño Fluminense, luego, el 2 de julio del 2008, en el mítico Maracaná de Río de Janeiro LIGA cayó derrotado por 3 a 1, igualandose la serie 5 a 5, tras jugar la prórroga, pasamos la definición por la tanda de penales.

Aquella noche, José Francisco Cevallos se erigió como figura de LIGA, atajó tres disparos del rival y así LIGA vio hecho realidad el sueño que perseguía desde su fundación, ser Campeones de América, que el nombre de LIGA se lo conociera en todo el mundo.

De aquel equipo histórico, que se convirtió en el primer equipo ecuatoriano en ganar un torneo internacional, podemos destacar a jugadores como  Joffre Guerrón, el mejor jugador de la copa; Claudio Bieler, quién anotó importantes goles como el que le hizo a San Lorenzo en Buenos Aires; Luis Bolaños, quien fue el goleador del equipo; Damián Manso, Enrique Vera, Norberto Araujo, Patricio Urrutia, Renán Calle, Paúl Ambrosi y Jairo Campos

A finales de aquel 2008, LIGA participó en el Mundial de Clubes jugado en Japón, su primer partido fue contra el Pachuca de México y lo ganó con un claro 2 a 0, accediendo de esta manera a la gran final del torneo.  En la final, LIGA se enfrentó al Manchester United de Inglaterra, el resultado fue favorable para los ingles con un gol marcado a los 73 minutos de juego por Wayne Rooney. Este fue el último partido dirigido por Edgardo Bauza en este primer ciclo junto a LIGA.

En el año 2009, Jorge Fossati se puso al frente del equipo nuevamente y LIGA sumaría un nuevo título internacional, como Campeón de la Copa Libertadores 2008, disputó la Recopa Sudamericana ante el Internacional de Porto Alegre, Campeón de la Copa Sudamericana 2008.

El 25 de junio de 2009 se jugó el partido de ida en el Estadio Beira-Rio en Porto Alegre. LIGA se llevó una importante victoria por 0 x 1 gracias a un gol conseguido por Claudio Bieler en el segundo tiempo. El 9 de julio se disputó la vuelta en la Casa Blanca y LIGA goleó a su rival 3 x 0, con goles de Carlos Espínola y Claudio Bieler y Enrique Vera.

Todo el Continente no paraba de hablar de LIGA y el gran juego que desplegaba, sobre todo en su estadio, donde se había convertido en un equipo imbatible, este mismo año, en el 2009, LIGA llegaría a una final internacional, luego de derrotar a equipos como Libertad de Paraguay, Lanús de Argentina y Vélez Sarsfield de Argentina, en la semifinal LIGA venció al River Plate uruguayo y se clasificó a la final del torneo para jugar, nuevamente, ante Fluminense de Brasil.

El 25 de noviembre del 2009 en Casa Blanca, ganó 5 x 1 su encuentro de ida, los goles marcados por Claudio Bieler (3), Edison Méndez (1) y Franklin Salas (1).  El 2 de diciembre del 2009 en el encuentro de vuelta, LIGA cayó derrotado 3 x 0 a favor de Fluminense, pero en el global quedaron 5 x 4. LIGA era campeón de la Copa Sudamericana, nuestro tercer título internacional.

Nuevamente LIGA era el primer equipo ecuatoriano en ganar este certamen internacional, además de ser uno de los cuatro únicos equipos del continente en ganar los tres torneos continentales junto con Boca Juniors, Internacional de Porto Alegre e Independiente.